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賃金の最低基準は、最低賃金法に定めるところによります（労働基準法第２８条）。
最低賃金法は、賃金の最低限度を定めるものであり、使用者は、最低賃金額以上の賃金を労働者に支払わなければなりません。
最低賃金の対象となる賃金は、毎月支払われる基本的な賃金に限られます。
具体的には、実際に支払われる賃金から以下の賃金を除外したものが最低賃金の対象となります。
(1) 臨時に支払われる賃金（結婚手当など）
(2) 1箇月を超える期間ごとに支払われる賃金（賞与など）
(3) 所定労働時間を超える時間の労働に対して支払われる賃金（時間外割増賃金など）
(4) 所定労働日以外の労働に対して支払われる賃金（休日割増賃金など）
(5) 午後10時から午前5時までの間の労働に対して支払われる賃金のうち、通常の労働時間の賃金の計算額を超える部分（深夜割増賃金など）
(6) 精皆勤手当、通勤手当及び家族手当

本件M社社員の給与についても、何か特段の事情（実際には休日出勤がまったくないにもかかわらず休日手当名目で基本給の一部を支払っていたといえる等）がない限りは、時間外割増賃金（上記(3)）や休日割増賃金（上記(4)）を除いた基本給１０万円を基準に最低賃金を上回るかどうかを決めることになります。
最低賃金額を下回る賃金を支払った場合には、使用者は最低賃金額との差額を支払う必要が生じるばかりか、罰則も設けられています。平成２０年７月１日以降は、法改正により、この罰則の上限が２万円から５０万円に引き上げられたこともあり（最低賃金法第４条１項、第４０条）、最低賃金法に関しては、これまで以上に法令遵守の意識が必要となってきているといえるでしょう。
従って、T社長は、特段の事情がない限りは、最低賃金額との差額の支払いは免れないでしょう。
ところで、T社長が、最低賃金法違反を問われることとなったのは、「基本給１０万円、残業手当１０万円、休日手当５万円」という極端な給与体系が原因ですが、このように残業手当や休日手当の割増賃金を定額払いにすることに、そもそも問題はないのでしょうか。
この点、定額の割増賃金が、労基法所定の計算による割増賃金を上回る場合には、このような取扱いも有効とするのが多くの裁判例です（関東プレハブ事件・東京簡判昭和40.7.15、三好屋商店事件・東京地判昭和63.5.27、関西ソニー販売事件・大阪地判昭和63.10.26、日本アイティーアイ事件・東京地判平成9.7.28、オーク事件・東京地判平成 10.7.27。徳島南海タクシー事件・最高決平11.12.14（高松高判平11.7.19を維持）、もっとも、三晃印刷事件・東京高判平成10.9.16労判749-22は固定残業給制度自体を無効としているように読める）。
これらの裁判例の理屈からすれば、定額の割増賃金が、労基法所定の計算による割増賃金を下回る場合には、固定残業給制度は無効となりますから、使用者は定額の割増賃金と労基法所定の計算による割増賃金との間の差額をさらに支払わなければならないこととなります。

では、逆に、定額の割増賃金が、労基法所定の計算による割増賃金を上回る場合に、使用者から労働者に対し、その差額の返還を求めることはできないのでしょうか。
この点、固定残業給制度自体を無効とする上記三晃印刷事件・東京高判平成10.9.16の理屈によるならば、差額の返還を求める余地はあるでしょう。同裁判例は、固定残業給制度自体が無効であるから、特定の１ヶ月の割増賃金が当該１ヶ月の定額固定残業給を超えない場合には、労働者はその差額を返還すべきとしているため（ただし、相殺の意思表示を要するとした）、この裁判例を重視すれば、差額の返還を求める余地はあるともいえましょう。
しかしながら、上記の多くの裁判例によるならば、定額の割増賃金が労基法所定の計算による割増賃金を上回る場合には、定額割増賃金も有効であるとされている以上、定額の割増賃金が労基法所定の計算による割増賃金を上回ることを理由として、使用者から定額割増賃金の無効を主張しても認められず、もはや差額の返還を求めるのは難しいこととなるでしょう。使用者の側から差額の返還を実際に求めた裁判例は見あたらないため、今後の裁判所の判断を待つことになるとは思われますが、多くの裁判例によれば、定額残業代を残業代の下限とすることのみが認められていることとなりますから、使用者から差額の返還を求めるのは厳しいと考えておく方がよさそうです。
前述のとおり、最低賃金法違反の点については、特段の事情がない限りは、差額の支払いは免れないと考えるべきです。

とはいえ、Ｍ社が定額割増賃金制をとったがゆえに払いすぎた割増賃金があるのであれば、差額につき労働者へ返還を求める余地はありますから、現実の残業時間を算出した上で、最低賃金法に抵触しない基本給を基礎として、払いすぎた割増賃金の額を計算し、支払うべき差額賃金と差し引きをして精算するよう交渉する余地はあるでしょう。
特に、T社長が、残業代や休日割増賃金の計算という煩雑さを避けるために、残業代、休日割増賃金を労基法所定の割増賃金と比べて相当多く支払っていた計算になるのであれば、その旨をよく説明し、労働者の理解を得て清算をするように交渉してみましょう。
ただし、定額の割増賃金が、労基法所定の計算による割増賃金を下回る場合には、その差額をさらに支払わなければならないこともあり得ます。
いずれにしても、定額割増賃金制の下で行った計算はいったん白紙にして、労基法所定の計算による割増賃金を算出し直し、精算を行う必要が生じるわけです。
再計算を行うことは、たしかに手間がかかることではありますが、そもそも、労基法上は、使用者に対し、労働者の労働時間管理を行う義務を課しています。最低賃金や残業代について疑義が生じてしまっている以上、労基法所定の計算をしっかりと行い精算する方向で、誠意をもって労働者と交渉するのが、結局は、労働者からの信頼回復にもつながり、いらぬ法的紛争を避けることにつながると思います。
残業代の抑制の方策として、固定残業代制度等の定額割増賃金制の導入が喧伝されているふしがみられますが、裁判例の理屈からするならば、決して定額割増賃金制の採用のみで残業代を抑制することにはならないことに注意が必要です。
定額割増賃金制は、残業代の計算という煩雑さを避けるためには有用ですが、安易に導入すると、時間外労働の恒常化を是認することにもなりかねず、かえって残業代の増加を招く危険すら有します。法令を遵守しつつ、残業代を抑制するためには、変形労働時間制等の活用や、残業申告制・ノー残業デー導入等のマネジメントの工夫によるべきものと考えます。

Ｍ社の基本給が最低賃金を下回っていることも大問題ですが、Ｔ社長の労働時間管理にも問題がありそうです。ここでは、「労働時間の管理方法」についてご説明します。
現在、厚生労働省では「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関する基準」として次の措置が示されております。
(1)始業、終業時刻の確認及び記録
使用者は、労働時間を適正に管理するため、労働者の日ごとの始業・終業時刻を確認し、これを記録すること。
(2)始業、終業時刻の確認及び記録の原則的な方法
原則として、次のいずれかの方法によること。
ア　使用者が自ら現認することにより確認し、記録すること
イ　タイムカード、ICカード等の客観的な記録を基礎として確認し、記録すること
まず、Ｔ社長は社員の実労働時間の把握に努めてください。そして、今後は時間外労働、休日手当となるのかどうかを正しく見極め、正確に計算された給与を支払うことが要だと思われます。
次に、固定残業手当を導入するにあたっての考え方・設計方法について考えてみましょう。
まず、今回はＴ社長の手法（最低賃金を下回る基本給に設計した極端な給与体系）に無理があったからこそ起きたトラブルでありますが、就業規則と労働契約書の内容を見直すことによって「時間外手当の定額払い」の導入が有効となります。
そこで、「時間外手当の定額払い」の導入するにあたっての注意点をここでは述べたいと思います。
弁護士が説明したとおり、時間外労働手当を法所定の計算方法による割増賃金額を上回る一定額で支払うことは、所定の額以上の割増賃金の支払いがなされる限り、必ずしも違法ではありません。また別の判例でも「基本給に割増賃金が含まれているというためには(1)割増賃金相当部分をそれ以外の賃金部分から明確に区別すること(2)法所定の割増賃金との差額を支払う旨が合意されていること、が必要である」（国際情報産業事件　東京地裁平3.8.27）、「月単位の固定的な時間外手当の内払いであることが給与規定や労働条件通知書等により明確であり、一定の時間数までの時間外手当を「管理手当」として支払っている場合には、不足した時間外手当の支払い義務があるが、不足のない場合には時間外手当の支払いの必要はない」（SFコーポレーション事件 東京地裁平21.3.27）としており、賃金に一定時間の時間外手当を固定的に含めて支払う方法は有効であるとしています。
ただし、「時間外手当の定額払い」はルールを一つでも間違えると違法となり認められません。導入するときは、就業規則の取り決め、労働契約書の内容、賃金台帳の記載など、細心の注意が必要です。
また、「時間外手当の定額払い」を導入すると、賃金を改定するたびに賃金に含まれる時間外手当を明示して個々の社員と労働契約書を取り交わすことになります。
「時間外手当の定額払い」導入の際には、下記の事項について注意して下さい。
(1)賃金（基本給や手当）に含まれる時間外手当を明確にし、それが何時間分の割増賃金（政令で定める割増率で計算）にあたるのかを就業規則、労働契約書に明示すること
なお、Ｍ社は、全従業員数が4名であり、就業規則の作成および届出義務がありません。そこで、労働契約書にて労働条件を明記することとなりますが、できれば、就業規則や給与規定を整備していた方がよいでしょう。
(2)実際の時間外手当が「定額払い」の額を超える場合は、その差額を別途時間外手当とし支払うことを就業規則、労働契約書に明示すること
(3)賃金台帳に「定額払い」の額を明示すること
(4)基本給が最低賃金を下回らないこと
なお、最低賃金は、毎年10月末頃に改定があります。最低賃金変動の際は、基本給と固定時間外手当も併せて変動する可能性もあります。この時期には注意が必要です。

最後に、今後の労務管理に関するアドバイスを申し上げます。
第一に、Ｍ社の業種は「理容業」ですので、全従業員数が4名という事から、週の法定労働時間は40時間制ではなく、週44時間制の適用を受けます。
現在の法定労働時間に関する法律では、特例として「業種が商業（理容業を含む）であり、かつ労働者数が常時10名未満の事業場については、週44時間制」となっております。よって、週44時間を超えた労働時間が、割増賃金の対象となります。
次に、今後の残業対策として、社員ごとに「始業時間と終業時間の繰り上げ・繰り下げ」を活用することも併せて検討してみましょう。
顧客の予約状況（人数や時間帯）によって、終業時間後の業務が発生することが予想される場合は、始業時間を繰り上げ、終業時間を繰り下げておくことで、必要な時間帯に必要な労力を確保することができ、残業時間を発生しないようにすることができます。
なお、始業時間と終業時間の繰り上げ・繰り下げを行う場合は、個別の労働契約書に明記するか、就業規則にてその旨を定める必要があります。1日の所定労働時間を変えずに、勤務する時間帯を変更する制度ですので、予約確認可能なサービス業には、効果的な制度でしょう。

本件では、毎月の給与支給総額を構成する給与明細書の記載内容が最低賃金法に抵触する、という理由から過去2年間遡及し、所定時間分の賃金差額と残業単価を計算し、かつ、実労働時間との差を算出するという支給の見直しが求められております。所得税法は、給与所得を非課税相当額と給与所得控除額を控除した後の金額としています。非課税扱いには出張旅費や通勤手当等で通常必要であると認められる金額、また、使用者から受ける金銭以外で支給される制服その他の身回品等による経済的な利益が該当します（所得税法第9条1項四・五･六号）。
以下では、給与所得と源泉所得税との関係で問題点を整理し、支給額に増減が生じた場合のM社側の対応について検討することにします。

過去の精算で生ずる源泉所得税の取扱い
本件で支給された基本給10万円、残業手当10万円、休日手当5万円は、ご説明したように明細区分の如何を問わず支給総額25万円が所得税の対象となります。T社長が労基法所定の残業手当、休日出勤手当に引き直し作業をした結果、各月の総支給額が変動することが予想されます。基本給と手当部分の相互充当の可否は弁護士、社会保険労務士の対応策に負うとし、源泉所得税の精算がどのように取り扱われるのかを説明します。

１）支給額が減少した場合
源泉徴収や年末調整の誤りについて、社員が直接に確定申告や更正の請求によって是正することはできないことになっております（最高裁三小平成4年2月18日判決）。したがって、過払いがあったとして社員への支給額が減少した場合には源泉所得税も過大納付になっていますから、M社は「源泉所得税の誤納額充当届出書」を提出し、M社がその届出書提出以後に納付すべき給与等に係る源泉徴収税額から控除する方法によって還付を受けることになります。しかし、現実的には一度支払った給与の返還を求めることは難しい、という問題が残ります。

２）支給額が追加発生した場合
問題は追加支給が発生した場合です。給与所得の収入すべき時期について、所得税法基本通達では支給日が定められている給与等についてはその支給日、その支給日が定められていないものについてはその支給を受けた日として取扱っております（所得税法基本通達36?9）。本件の追加支給は、給与規程の改定に基因すると考えるか、または残業・休日出勤手当の増額にともなう追加支給に該当すると考えるのかによって取扱いが異なるものと考えられます。
追加支給が給与の改定を既往に遡って実施したため、既往の期間に対応して支払われる新旧給与の差額に相当する給与と考えられる場合、支給日に所得税を源泉徴収して納付することになります。また、社長と社員間の話し合いがこじれて訴訟になり、過去の減額支給を支払い命令等の判決に基づいて遡及支払することとなった場合の当該給与に対する課税年分も支払義務が確定した判決の日の属する年分の給与所得として源泉所得税を徴収納付することになります。
一方、残業・休日出勤手当の追加支給が当初から支給されるべきであったものを和解により支給したとすれば、この給与所得の収入すべき時期は、本来的には契約又は慣習により支給日が定められている給与等と考えられます。その結果、支給月に過年分の課税漏れ給与等に対する税額簡易計算により、追加給与の額と当該年分の課税済みの給与等の合計額について計算した税額から既に納付済みの税額を控除して納付することになります。また、源泉所得税の追加納付が出た場合、M社に対して延滞税及び不納付加算税の問題が発生することになります。
本件は、支給明細書の内訳が勤務実態に関係なく記載され、支給されていたことに基因するものです。したがって、タイムカードの整備、非課税扱いの通勤手当や制服等の支給を検討すると良いでしょう。
客待ち待機時間が長く業務の偏在が避けられない業態では、基本給と店舗売上、指名顧客数や社員の技能等も考慮したインセンティブを加味し、家族的雰囲気のなかでも適度の成果配分基準を導入することで社員への動機付けを行うことも経営改善につながるものと思われます。