一般に年俸制には、給与総額を一本の年俸で管理する｢完全年俸制｣と刺激性の強い業績賞与を併用する｢業績賞与併用型年俸制｣の二つに分類されます。
ここで、それぞれの所得税の扱いについて説明します。
（1）完全年俸制の所得税の扱い
完全年俸制の給与は一本の年俸額で管理され、通常、年俸制を１２等分して月々に１２分の１ずつに支払うことが多いようです。
この場合の所得税の扱いは、毎月支払われる給与に対しては源泉徴収税額表により、徴収額を求め、源泉徴収を行うことになります。
また、完全年俸制の給与であっても、仮に年俸額を１５等分して月々１５分の１ずつに支払い、１５分の３を賞与の支給時期に支払う場合は、賞与に対する源泉徴収税額の算出率表により徴収額を求め源泉徴収をすることになります。
（2）業績賞与併用型年俸制の所得税の扱い
業績賞与併用型年俸制の給与は、基本年俸と業績年俸（賞与）から構成されます。
基本年俸については前記（1）と同様に取扱い、業績年俸（賞与）の部分は、当年の実績値と前年の実績値によって賞与の決定がなされますが､当年において実績値が確定し、賞与額を算定するときおよび、前年の実績値によって賞与の決定が行われる場合、いずれにしても賞与の支給時に支払われる額に対しては、賞与に対する源泉徴収税額の算出率表により、徴収額を求め源泉徴収をすることになります。
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